肛瘘初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻。但复杂性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。
1.流脓 是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短和多少有关，新生成的瘘管，炎症反应大，流脓较多，脓液粘稠、黄色、有臭味；时间长久的排脓较少，或时有时无，脓液白色，稀淡如水；如忽然脓液增多，表示有新管生成。有时瘘口暂时封闭，不排脓液，可出现局部肿痛或体温上升，封闭的瘘口又排脓。有的外口可排气体和粪便。内瘘常有脓血由肛门排出，由于脓性分泌物不断反复流出，患者常感到肛门处湿润、内裤不净，给生活带来很大麻烦。与其他器官相通的瘘管有特殊症状。
2.瘙痒 由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
3.疼痛 瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
4.排便不畅 复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。
5.全身症状 在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
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