肛瘘形成初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻。但复杂性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。
临床所见肛瘘的特点有：
①脓液淋漓不断：反复感染，炎症经常刺激，脓水不断从外口流出、污染内裤。
②不能自然愈合：由于肛门括约肌的收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液排出而难愈合；瘘管弯曲、引流不畅；脓腔缩小、腔壁有结缔组织增生而坚硬也很难粘连愈合。
③反复发作、病程缠绵、病情复杂：由于瘘管大多呈弯曲形，使引流不畅，外口容易闭塞，出现假性愈合；当脓腔压力大时，脓液可流向括约肌间隙而蔓延扩散、形成新的脓肿，破溃后成新的外口，所以病程缠绵的瘘管可有多个外口、多个分管或演变成高位复杂肛瘘。
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