新生儿容易发生肛周脓肿原因至今不太明了，有些专家分析原因如下：
①肛窦炎，这是新生儿常见病之一，也是新生儿形成肛瘘最主要的原因。肛窦的炎症因肛门括约肌收缩，影响炎性分泌物(包括脓液)排泄，使炎症可以扩散至直肠、肛门周围，进而形成肛周脓肿，由于肛门周围距离皮肤和邻近器官(如女婴的外阴和阴道)的粘膜很近，所以一旦形成脓肿，就等于瘘管形成，瘘管的内口位于直肠壁上，而外口位于皮肤或其它器官的粘膜处，脓肿则在脓液流出后形成连接内外口的管道。
②免疫力低下，这种病儿比健康的新生儿(免疫力弱、尚未成熟)的抵抗力还差，易发生败血症和局部感染。
③全身或邻近肛门处化脓性感染，可以并发肛周感染。有人认为有些新生儿雄性激素分泌过多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛导致继发感染。
④偶见因外伤包括肛门直肠手术后继发肛周感染，最后形成肛瘘。
⑤其它，包括肿瘤破溃、性病感染等。
⑥先天性肛瘘，有专家认为是胎儿阶段直肠阴道隔发育异常所致，特别是女孩直肠前庭瘘和直肠阴道瘘很可能在小儿出生时已存在，而于生后表现症状。
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