肛瘘分类方法很多，有按病因、病理分类，有按内外口的位置及侵犯的程度分类等。
(一) 按内外口分类
1．单口内瘘：又称为内盲瘘，只有内口与瘘管道相通，无外口。
2．内外瘘：瘘管有内外口。外口在体表，内口在肛窦，下有瘘管相通。此种肛瘘最为多见。
3．单口外瘘：又称为外盲瘘，只有外口下连瘘管，无内口。此种肛瘘临床上较少见。
4．全外瘘：瘘管有两个以上外口相互有管道连通，无内口。此种肛瘘临床上较少见。
(二) 按瘘管与肛门括约肌的关系分类
1．肛提肌上瘘。
2．肛提肌与外括约肌深部间瘘。
3．外括约肌浅部与皮下部间瘘。
4．粘膜下瘘。
5．外括约肌深部与浅部间瘘。
6．皮下瘘。
(三) Parks分类法
按瘘管与括约肌的关系，将肛瘘分为四类：
1．括约肌间肛瘘(低位肛瘘)为最常见，约占70%，是肛管周围脓肿的后遗症。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，为3cm～5cm。
2．经括约肌肛瘘(低位或高位肛瘘)，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后遗症。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通，外口距肛缘较远，约5cm。
3．括约肌上肛瘘(高位肛瘘)，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝而穿透皮肤。瘘管累及肛管直肠环，故治疗较困难。
4．括约肌外肛瘘(高位肛瘘)，占1%，为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘常为克隆氏病、肠ai或外伤所致。
(四) 按瘘的形态分类
1．直瘘。
2．弯曲瘘。
3．前后蹄铁形肛瘘。
(五) 按肛瘘的病因和病理性质分类
可分为非特异性肛瘘(即化脓性肛瘘)和特异性肛瘘两种。特异性肛瘘，又可进一步分为结核性肛瘘、梅毒性肛瘘和放线菌性肛瘘三种。
(六) 全国肛肠外科会议(1975)统一标准分类法
以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位，这在国内已普遍采用。
1．低位单纯性肛瘘：只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下。内口在肛窦附近。
2．低位复杂性肛瘘：瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘道有两个以上者。内口位于肛窦部位(包括多发性瘘)。
3．高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上。内口位于肛窦附近。
4．高位复杂性肛痿：有两个以上外口。瘘管有分支。其主管通过外括约叽深部以上，有一个或两个以上内口。
在临床上，常以肛瘘的病理性质、高低位、单纯性、复杂性来综合命名。目前肛瘘的分类方法虽然很多，但均有其不完善之处，至今尚无公认的统一分类方法。
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