对慢性及急性肛裂经治疗无效者，则应选择手术治疗。手术疗法大致有以下几种方法：
1.切除术：适用于Ⅲ期或慢性肛裂，术后效果好，极少复发。
2.后方内括约肌切开术：主要目的是消除内括约肌痉挛。
3.侧方内括约肌切开术：主要目的是减少和防止肛门功能不良。
4.肛管扩张术：主要用于各种原因引起的肛管弹性消失和收缩，括约肌功能不良，发生的器质性狭窄。
5.V-Y肛管成形术：适用于肛管皮肤缺损及明显狭窄的肛裂。
6.肛门周围皮肤裂治疗：应依据肛裂病因病情来选择手术与否。
7.肛裂并有Ⅰ期或小型Ⅰ期内痔：应先做侧方内括约肌切开术，肛裂治愈后再注射治疗内痔。
8.肛裂的其他疗法：如激光、电灼治疗等等。
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