在手术中，括约肌的处理原则和方法如下：
1、瘘管通过外括约肌皮下部者，一期切断或切除瘘管累及的外括约肌皮下部纤维，不会发生肛门失禁。
2、瘘管通过外括约肌浅部或外括约肌浅部与深部之间的，可按肌纤维的垂直方向将外括约肌浅部切断，但不能斜行切断，亦不能切除瘘管周围的括约肌组织。
3、括约肌只可切开，而不可切除一段。
4、括约肌只能在一处切断，切忌一次切断两处。若有两个以上瘘管同时存在或有两个内口的复杂性肛瘘，则只好分期手术，或一处切开，一处挂线或两处同时挂线。
5、括约肌切开后，创面底部的纱布不宜填塞过多过紧，以免括约肌断端分离过远。在术后24～48小时，应将填塞的纱布取出，使括约肌断端靠近，有利于其早期愈合及功能的恢复。
6、瘘管通过肛管直肠环或内口，在该环的上方或不能明确与肛管直肠环的解剖关系者，都应采取二期切断术，即切断肛门外括约肌浅部、皮下部，切开或切除其下方的瘘管，然后用橡皮线从残留的瘘口穿入，经内口引出，扎紧在肛管直肠环上。利用橡皮筋的勒割作用，使瘘管壁和其下方组织绞窄、缺血坏死而缓慢勒开。
此时，因括约肌纤维与周围组织粘连固定，勒断面不会突然回缩而分离太远，因此术后不致影响括约肌的功能。
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