肛管直肠瘘主要侵犯肛管很少涉及直肠，故常称为肛瘘，是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道内口多位于齿线附近，外口位于肛周、皮肤处整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，经久不愈发病率仅次于痔。
肛瘘根据瘘管的特点，分有多种类型：
1、括约肌外肛瘘 最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐,类型骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠恶变或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。
2、括约肌间肛瘘 多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm.少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。
3、经括约肌肛瘘 可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。
4、括约肌上肛瘘 为高位肛瘘，少见，占5%，瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。
另外，肛管左右侧均有外口，应考虑为"蹄铁型"肛瘘。这是一种特殊型的贯通括约肌肛瘘，也是一种高位弯型肛瘘，瘘管围绕肛管，由一侧坐骨直肠窝通到对侧，成为半环型，如蹄铁状故名。在齿线附近有一内口，而外口数目可多个，分散在肛门左右两侧，其中有许多支管，向周围蔓延。蹄铁型肛瘘又分为前蹄铁型和后蹄铁型两种。后者多见，因肛管后部组织比前部疏松，感染容易蔓延。
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