肛瘘的产生是由于细菌入侵至肛窦内的肛腺导管之中，当条件适合时，导管内的细菌便大量繁殖，并向肛腺逆行，在某一支继续繁殖，直至穿破肌层而形成肛周脓肿，最终形成肛瘘。由此知道，只要防止细菌不入侵肛窦，就可防止肛瘘的发生。因此从疾病的防治上，要注意防治痔病、直肠息肉、肛裂、肛窦炎、肛乳头炎、肠炎、便秘、直肠脱垂等，因为这些病常使肛窦发炎水肿，局部抵抗力降低，细菌易于入侵。
从饮食起居上来说，宜食清淡、富含纤维素之品，忌饮酒成性和嗜食辛温炙烤油炸之品，并注意饮食定时定量。养成良好的生活习惯，保持生活规律，养成晨起定时排便的习惯。且便时不要久蹲，不要看书看报，要意念集中，一次排空大便，便后用干净柔软的手纸轻轻擦拭肛门，然后用温水洗净肛门。条件许可的话，最好每日用温水或冷水坐浴，因为温水坐浴后，可引起局部组织和毛细血管充血与扩张，加强毛细血管的渗透作用，从而达到改善局部血管神经和肌肉功能的目的;而冷水坐浴则可使毛细血管收缩，减少渗出而起到消肿止血的作用，对大便干燥、血栓外痔及内痔脱出病人十分有效。
对于从事久坐久站职业的人，要经常变换体位，抽空活动活动下肢、 腰部，尽量抬高下肢，以促进血液回流。对于经常出差者，宜尽可能保证生活规律，定时进餐，定时大便，保证睡眠，保证多饮水，多食蔬菜水果;在家休息娱乐时，切忌通宵达旦玩麻将、玩扑克。
平时要注意饮食卫生，尤其在炎热的夏天，更应注意不吃变味发馊的饭菜。注意瓜果冷饮卫生，注意生冷熟食不在同一切菜板上切用，以防止肠炎的发生。另外经常参加体育锻炼，经常进行体操、游泳、跑步、跳舞等运动，对全身的血液循环、肌肉的功能加强有明显的促进作用。体质加强了，机体的抗病能力提高了，就能有效地防止肛瘘的发生。
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