儿童患肛瘘相对较少，但出生后3个月的婴儿，以及未满1周岁的幼儿，也常会出现肛门肿痛、化脓的情况。南宁医博肛肠医院专家表示，由于儿童肛瘘管道较为短浅，排脓后症状可很快减轻，并多数可自愈，部分患儿随年龄增长而自愈，因此，一般主张不行手术治疗。
儿童肛瘘的原因首先是感染因素，多发生在新生儿或小婴儿，由于皮肤娇嫩，抵抗力低，特别是肛门周围的皮肤，经常受粪便的污染，肛门括约肌松弛，造成直肠、肛门粘膜外翻，更易受损。肛门局部感染或全身败血症经血液循环感染，形成肛旁脓肿。
脓肿形成之后，初期部位较深，仅引起病儿哭闹或大便时不安，以后随着脓肿的发展，脓肿穿透直肠周围筋肉时，家长才在换尿布的过程中无意发现肛门周围红肿，外表很像一个疖子（女孩可发生一侧大阴唇红肿），最后，皮肤破溃，脓液流出。家长以为病该好了，谁知破溃的伤口很难真正的愈合，有时从疹口还溢出少量大便，这才知道已形成肛瘘。
普通肛瘘多开口在距肛门3厘米以内的左右侧。瘘口在外生殖器和肛门之间的叫直肠会阴瘘。瘘口开在大阴唇的叫直肠大阴唇瘘。瘘口开在阴道口的叫前庭瘘。瘘口在阴道的叫直肠阴道瘘。还有一种外伤性肛瘘，多发生在受外伤的地方，比较少见，肛瘘的特点是反复不愈，外瘘口的皮肤常有假性愈合现象，有时肛瘘外口处的皮肤像个米粒大小的皮肤下陷或小疤痕；有时外表像一块小腐肉，但不久瘘口处出现红肿，接着破溃出脓。
以上反复发作的间隔时间并无规律，有的病儿一个月犯几次，有的病儿数月才犯一次，也有的病人只是从瘘口处经常流出分泌物。
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