因内口是肛瘘的原发病灶，必须准确定位其内口部位和弄清其数量，如检查不清或定位错误，必然会导致治疗失败。因此在瘘检查中正确判断内口的位置及数量，对治疗具有重要的意义。
1、从病史上判断内口的位置：如有多个外口，首先应了解到哪一个外口是先发生的。往往从第一个外口用探针探查，可以通过主管而找到内口。
2、通过触诊可以帮助了解内口的位置：肛门周围脓肿破溃或切开排脓后，大约经过2～3个月形成瘘管管壁。如果瘘管位于表浅部位，通过触诊可以触到条索走行，顺着向肛门走行的条索，可以发现内口的部位。如果在肛门外触诊没有触到条索，常常说明瘘管管道较深，可通过肛门内指诊，在肛管直肠环的部位可以触到病变的较大瘢痕或条索状瘢痕，在瘢痕部位的隐窝处。常为内口部位。
3、肛门镜检查：用双叶肛门镜张开肛门，可见内口所在肛窦红肿、发炎、变深，用钩状探针轻轻探查，不难找到内口。
4、染色检查：本法寻找内口准确，临床上有重要价值。先将盐水纱条放入直肠，再用1％双氧水加龙胆紫液，或用1％亚甲蓝溶液，从瘘管外口注入，观察内口有无染色液流出，跟据纱布染色的位置，即可判断内口位置。如纱布条无染色，也不能肯定无内口。管道弯曲，受括约肌收缩影响。被脓液阻塞，或内口暂时闭合，使染色溶液不能通过内口，无法染色于纱布。手术时应加以注意。
5、探针检查：主要探明瘘管走行方向、深浅和内口的位置。探查直瘘时，将探针从外口伸入，食指深入肛管，指尖按在可疑内口处，探针从内口探出。若弯曲瘘管或复杂的瘘管行径弯曲，探针不易探过，可用银制细软探针探查。探查不可用力太猛，以免造成假瘘道和假内口。
6、碘油造影：从肛窦外口注入30％～40％碘油或12.5％碘化钠溶液，然后摄片。可见瘘管深浅分支与邻近器官的关系。此法多用于高位复杂性肛瘘，一般肛瘘不作为常规检查。
7、根据外口与肛门的距离来判断内口的部位：经过肛门中部画一横线，如外口在横线之上，离肛门不超过5cm，其内口在肛门齿线上与外口相互对应；如外口距离肛门超过5cm或外口在此线之后，这些瘘管多数是向后弯曲的，内口常在肛管后中线上。
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