肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，所以肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。肛门直肠周围脓肿自然破溃或切开后，不能愈合最终形成瘘管的原因有：
1、原发内口（肛窦）继续感染，直肠内的污染物不断从内口进入感染病灶，造成反复感染，病变根源无法消除。
2、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染。
3、直肠内有一定的压力和气体，可经常不断地从内口进入窦道，由外口排出。
4、脓肿破溃，脓液排出，脓腔逐渐缩小，使瘘管壁纤维化，变硬变弯曲狭窄，因而引流不畅，愈合不了。
5、细菌和脏东西还可以由外口进入，感染发炎，时闭时溃，反复发作。因此，肛瘘形成后自行愈合的机会很少。如拖延治疗，经常发作，还可使病变进一步发展，变成多发性、复杂性肛瘘。
在日常生活中我们要注意的一个问题是下痢容易引起肛瘘，这是因为肛门小窝是分泌使排便顺畅的黏液之漏斗状器官，通常粪便在经直肠排出时，其中柔软的粪便，特别是含水量多的下痢状粪便，其残渣有时会侵入肛门小窝。下痢状的粪便一直潴留在肛门小窝，其中的细菌就会侵入肛门腺导管，而引起化脓性炎症。尤其是在身体衰弱时的下痢，更具危险性。
别外还需澄清的一个问题是肛瘘病原体不是结核菌。在第二次世界大战前，没有消灭结核菌的特效yao，那时，结核患者很多，由肠结核引发肛门小窝炎症，再进一步演变成肛瘘者甚多，所以都以为肛瘘是结核性疾病。其实肛瘘并非都由结核菌引起，在结核病已不再是威胁人类健康的可怕疾病的今天，100个肛瘘患者中，带有结核菌的恐怕一个都没有，所以，肛瘘是结核性疾病的说法是荒谬的。当然，在还不能治疗结核病的时代，患结核性肛瘘的肛瘘病人所占的比例肯定要比现在多得多，因而在那时会把肛瘘当成是结核性疾病也就不足为怪了。
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