肛瘘是指肛管直肠与肛门周围皮肤相通出现的一种病理性管道的疾病，通常是肛周脓肿破溃后形成。
影响正常排便功能的因素很多，包括粪便的质地，直肠的容积，肛直肠部的感觉、反射，肛管的张力及耻骨直肠肌和肛管外括约肌之神经系统的健全程度等，凡影响上述机制的平衡，即能引起肛门失禁，临床上可因括约肌损伤、结肠疾病、神经系统疾病、先天性疾病和其他疾病引起肛门失禁。
肛瘘由原发性内口﹑继发性外口和瘘管组成。内口为肛周脓肿原发病灶，大多在肛管齿线处的肛窦内，外口是脓肿自然破溃或医生手术切开的刀口久不愈合处，如果肛瘘日久反复发作，常不止一个外口。内外口之间由瘘管相通，瘘管是脓肿破溃后脓液从外口排出脓腔逐渐闭锁形成的纤维化管道。由于大多数肛瘘内口为一凹陷或肉芽高起，管道一般较细，所以很少有大便从外口排出。
肛瘘的临床表现是局部反复流脓、久不收口，当外口闭合脓液积聚时会疼痛，或有发热等，由于经常流脓刺激皮肤会出现肛门瘙痒，检查时可触及或探及条索通到直肠。治疗目前以手术为主。
由于肛周脓肿的部位和深浅不同，形成的肛瘘也就有高位和低位之别，低位肛瘘的管道穿越外括约肌浅部以下，手术时损伤此处也不会影响肛门的收缩功能，高位肛瘘其管道在肛管直肠环平面以上，手术时一次切断该环就会肛门失禁。
为了避免发生肛门失禁，深部间隙的肛周脓肿可分期手术，即先切开排脓，不会损伤重要的肌肉，待炎症消退后，形成了高位肛瘘再采用切开挂线法，在处理高位肛瘘时就会尽可能保持肛门的功能，一般不会造成肛门失控。
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