肠内菌群对人体健康有各种各样的影响。在健康条件下，肠内菌群中的有益菌占优势，其代表如双歧杆菌、乳杆菌等。然而身体条件的改变，饮食、压力等因素的变化都会影响肠内菌群，并导致身体健康的综合变化。所以维持身体的健康，保持肠内有益菌占优势是十分必要的。
通常很难确切地知道肠内菌群的状况，而用微生物法分析粪便中各种细菌的数量又相当繁锁，然而简单而又相对准确的方法就是通过观察大便的各种状态来获得。从粪便的软硬度、颜色、气味和体积来判断肠道的健康状况。
正常粪便含有70—80%的水份，形状就象香蕉或类似由管中挤出来的形状。肠内容物从大肠通过的速度是每小时10厘米左右，当速度过慢，水份被吸收过多，就会产生硬便而形成便秘。排泄时粪便干硬，同时伴随疼痛或不适，就是便秘的信号。如果粪便的形状似香蕉状，即便每隔3天排泄1次，也属于正常。当粪便水份含量超过80%时，大便为软状和稀状；水份超过95%时就会出现水样便，从而发生腹泻便。
每个人粪便的形状和体积是不同的，食富含食物纤维的饮食，其大便量多体积大；而食西方型的饮食，食物经过精制，富含肉类、高蛋白、粪便的形状就细长而且体积少。粪便的颜色也可做为识别身体健康与否的一个信号。体内分泌的胆汁和胆红素的颜色使粪便构成特殊的黄色。胆汁是在肝脏产生的，并暂时贮存于胆囊中，而后通过十二指肠被排出。胆红素起源于细胞中血红蛋白的降解。胆汁的原始颜色是绿色，但经过肠内细菌的作用，使粪便变成黄色或棕色。通常灰白色粪便暗示黄胆病的信号；血红色粪便暗示痔疮或肠内出血；而焦黑色粪便暗示ai症、胃溃疡或十二指肠溃疡的信号。
粪便的气味主要由食物的成份和肠内细菌类型所次定的。粪便的气味与肠气的气味相一致，主要由氨、吲哚、硫化氢、粪臭素，乙酸、丁酸等成份构成。通常粪便的气味具有轻微的酸味、不特别难闻。这主要是肠内细菌进行发酵时产生乙酸、丁酸的气味。如果肠内细菌发酵异常，就会产生难闻的刺激性气味。在食用高蛋白性食物时就会出现腐败性气味，这主要是由腐败菌分解蛋白质时产生的。
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