任何能引起成年人便秘的原因，同样也可以引起儿童便秘。另外，儿童容易出现便秘，还有其特殊的病理生理等原因。儿童正处于生长发育过程中，神经系统、各脏器功能都尚未发育成熟，适应调节能力差，任何容易引起便秘的危险因素更易引起儿童便秘。
新生儿或婴幼儿期可发现一些先天性疾病，如先天性肛门或直肠狭窄或闭锁，先天性巨结肠症等都可引起顽固性便秘，另外一些儿童疾病，如神经发育不全，肠道缺乏神经支配，脊柱畸形，甲状腺功能低下，精神障碍和一些遗传性代谢疾病亦伴有便秘。体质虚弱、营养不良、消瘦的儿童易患便秘，严重的便秘患者还可引起脱肛与肛裂，使病情恶化。
儿童免疫系统不健全，亦患各种感染性疾病，出现发热。发热可是体液减少，甚至可出现轻度脱水症状，加之饮食功能下降，常常亦可伴发便秘，并可持续到发热疾病治愈之后。如果不进行调治，会发展成为慢性便秘。饮食因素在儿童便秘发生中起着不可忽视的作用。儿童偏食或喂养不当，进食过于精细，不吃蔬菜水果等是诱发儿童便秘的主要原因。儿童便秘可以从因未摄入足够量纤维素及水引起单纯性便秘逐渐发展成慢性便秘。由于大块较硬粪便可引起肛裂，使排便过程疼痛，患儿更不愿去排便，容易产生粪嵌塞。
另外必须注意，相当一部分儿童便秘是由不良的排便习惯所引起，刚刚上幼儿园或上学的儿童，由于环境的改变，儿童精神紧张或不习惯，或因公用厕所不干净，往往在幼儿园或学校时，抑制便意，有大便亦不愿去厕所，这样时间一长，逐渐形成便秘。
母乳喂养的幼儿排便常较正常，而按处方喂养的幼儿教易发生便秘，另外饮食中加过多巧克力容易诱导便秘，喝过多奶制品，冰淇淋亦发生便秘。
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