饮食不当功能性便秘与饮食的关系最为密切。宝宝饮食过细，纤维素摄入不足，对肠壁刺激不够容易导致便秘;高蛋白摄入过量，容易使肠发酵菌相对减少而影响发酵，进而使大便干燥致密；食量不足时，由于肠道内残渣较少，腹肌、肠肌张力不足、蠕动无力，也容易引起便秘。
排便不规律由于排便时间不规律且缺乏相关训练，没有形成排便反射，有时虽有排便的感觉，但由于贪玩或其他事情干扰，宝宝可能会有意识地抑制便意，时间一长，肠内排便反射的敏感度降低，大便堆积于肠内，水分被吸收，大便变得干燥，因而不易排出，就形成了所谓的习惯性便秘。
先天性生理及解剖缺陷有些宝宝出现便秘是由于患有某些先天性疾病，如肠狭窄、肠梗阻、直肠或肛门狭窄、幽门痉挛、先天性幽门狭窄、先天性巨结肠等均可引起便秘。
精神因素另外，有一些精神上的刺激因素也可引起宝宝出现便秘现象，如生活环境的改变，或者因肛周病变(如肛裂)引起排便疼痛而使孩子惧怕排便，这些都可能导致宝宝出现短期的便秘。
便秘了怎么办宝宝出现便秘后，解出的大便又干又硬，干硬的粪便刺激肛门会产生疼痛和不适感，宝宝惧怕解大便而不敢用力排便，大便总不能排出，便秘也就会越严重，大便长时间存留在体内还会使毒素淤积体内，影响正常的新陈代谢，从而产生营养不良，抵抗力下降。
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