引起小儿便秘的原因有很多，以下几种是最为常见：
首先是，不当的饮食习惯，如食物成分搭配不妥、小儿进食过少，常用的牛奶喂养的小儿，牛奶太浓了，或是糖分过少，使得蛋白质增多，便干结就不易排出。另外在食用牛奶的同时，又添加过多的钙，使大便更干，食欲减退，进食量少，每天形成的粪质也少。粪质在大肠中停留的时间越久，水分被吸收的时间越长，大便也越干，越不容易排出。加上有些小孩有偏食的习惯，而不吃或少吃蔬菜等含有纤维素较多的食物，也容易引起便秘。
其次是，吃母乳的孩子也会发生便秘，原因与母乳不足或是母奶虽足，含蛋白质较多，含钙量也很高，大便会偏碱性，这种大便较硬而干，不易排出。
再次是，小儿缺乏定时排便的习惯，没有定时排便形成习惯，粪质在结肠内停留太久，加上大便干燥，不易排出。有时因为大便干，排便时引起肛裂，排便时还会有疼痛，越怕痛越不肯排，隔得时间越久便秘也就越顽固。另外，有些家长，乱使用开塞露等通便yao，形成习惯，不用通便yao不刺激便不肯排便。
最后是，本身疾病使得肠功能失常，如小儿患有营养不良、佝偻病、甲状腺功能减退症、先天性巨结肠症等先天缺陷等，致使肠壁及腹壁肌肉松弛，大便不易排出。
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