肛周脓肿绝大部分是因肛门腺感染化脓后向周围扩展而形成，所以，如不将感染的肛门腺及内口处理干净，肛周脓肿就得不到根治而发展为肛瘘。另外，手术后专科处理、换yao等都很重要，如不正确处理，也会导致创面假性愈合而发生肛瘘。这种情况一般多见于非专科医生的手术。
肛瘘的形成与肛周脓肿有密切的关系，但是否所有的肛周脓肿在排脓后，都会形成肛瘘呢？肛周脓肿的手术中如果不能找到内口，就一定会形成肛瘘吗？其实不然，并不是所有的肛周脓肿最终都会形成肛瘘。
虽然肛瘘都是由肛周脓肿排脓后形成的，但肛周脓肿除继发于肛窦炎外，还可因外伤、肛周皮下感染等引起。从肛瘘的形成过程可以看出，在肛瘘的形成过程中，感染性内口起着至关重要的作用。有一些原因如血栓外痔、外伤、肛裂、肛门手术、内痔注射、直肠异物等均有可能形成肛周脓肿，这样一些肛周脓肿没有原发性内口，当脓肿被切开，脓液排尽后，炎症得以控制，没有继续感染，则脓肿可以一期治愈。
而由肛腺感染引起的肛周脓肿，如大多数的坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿、直肠后脓肿等，虽然脓肿已经切开，脓液已经排尽，但原发性感染内口依然存在，并不断有新的感染形成，脓腔久久不能完全愈合，逐渐狭窄最终形成肛瘘。由于感染并没有完全得到控制，肛瘘的外瘘口就长期不断或断断续续地排出脓性或脓血性分泌物。在受到某种刺激后，如进食辛辣食物、烟酒过度等，肛瘘的炎症就会急性发作，表现出一派急性炎症的症状。
另外，有一种非常有特征性的肛周脓肿即结核性肛周脓肿，结核性肛周脓肿是由于感染结核杆菌而引起的一类脓肿，其脓液可以分离出大量的结核杆菌，脓腔不局限，常常呈漫肿的形态，外部形态没有普通脓肿那样典型的红、肿、热、痛，切开排脓后伤口及脓腔都极难愈合。
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