原来肛门直肠周围脓肿，多来自肛腺、肛窦感染。因为肛腺导管开口于肛窦，肛窦的开口又向上呈漏斗状，肛腺管可穿过内括约肌至联合纵肌之间；有的则认为肛腺管可穿过肛提肌及外括约肌进入肛门直肠周围间隙中，粪便残渣异物、炎性分泌物、大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌、结核杆菌、厌氧菌进入肛窦引起肛窦炎和肛腺管炎。炎症沿肛腺管扩散至肛管皮下、内外括约肌与联合纵肌之间。此外，丰富的淋巴与血管是造成肛门周围扩散的途径，以致造成肛门周围炎。由于肛腺感染是肛门直肠周围脓肿的原因，因此肛门直肠脓肿和肛瘘是同一疾病的不同阶段。
此外，由于原肛腺继续感染后，病变根源依然存在，而炎症的反复刺激可使周围结缔组织增生、脓腔缩小成为弯曲狭窄的管道，使局部引流不畅，不能愈合。同时细菌和脏物还可从脓肿溃口处进入，感染发炎，时闭时溃，反复发作。因此，患了肛门脓肿后大多会合并成肛瘘。
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